Perbedaan utama antara archenteron dan blastocoel adalah bahwa archenteron adalah usus utama yang terbentuk selama gastrulasi di zigot yang sedang berkembang, yang kemudian berkembang menjadi tabung pencernaan, sedangkan blastocoel adalah rongga berisi cairan bagian dalam atau kuning telur dari blastula yang terbentuk selama peledakan.
Fertilisasi adalah peristiwa reproduksi seksual yang membentuk zigot diploid. Zigot akhirnya berubah menjadi embrio. Embrio mengalami pembelahan mitosis dan diferensiasi seluler, membuat embrio multiseluler. Morula merupakan tahap awal dari embrio yang mengandung 16 sel. Morula menjadi blastula di belahan ketujuh. Blastula mengandung 128 sel. Ini adalah bola sel berongga yang mengelilingi rongga berisi cairan bagian dalam. Dan, rongga blastula berisi cairan ini dikenal sebagai blastocoel. Blastula melipat ke dalam dan membesar menjadi gastrula, yang merupakan struktur berlapis-lapis yang mengandung lapisan kuman primer. Archenteron adalah usus utama yang terletak di gastrula. Archenteron kemudian berkembang menjadi saluran pencernaan.
