Perbedaan utama antara tiosianat dan isotiosianat adalah bahwa tiosianat adalah gugus fungsi di mana gugus alkil atau aril terikat melalui atom sulfur sedangkan isotiosianat adalah isomer hubungan tiosianat di mana gugus alkil atau aril terikat melalui atom nitrogen.
Tiosianat dan isotiosianat adalah gugus fungsi yang mengandung atom karbon, nitrogen, dan belerang. Kelompok fungsional ini memiliki konektivitas atom yang sama. Artinya, atom karbon berada di tengah, sedangkan atom nitrogen dan belerang terikat pada sisinya. Namun, ikatan kimia antara atom-atom ini berbeda satu sama lain.
