Perbedaan utama antara protein pengatur dan penekan adalah bahwa protein pengatur dapat mendorong atau menghambat transkripsi gen. Sementara itu, protein penekan menghambat ekspresi satu atau lebih gen.
Sebelum membahas lebih jauh tentang perbedaan antara protein regulator dan protein penekan, mari kita bahas secara singkat regulasi gen. Gen adalah urutan nukleotida spesifik di mana informasi genetik disembunyikan untuk mensintesis protein. Ekspresi gen dapat diatur dengan berbagai cara. Melalui mekanisme yang berbeda, sel mengontrol ekspresi gen dan tingkat ekspresinya. Umumnya, regulasi gen terjadi pada tingkat transkripsi. Protein pengatur dan protein penekan adalah dua jenis protein yang terlibat dalam regulasi gen pada tingkat transkripsi. Protein pengatur dan protein penekan ini mengikat urutan tertentu di dekat gen dan memengaruhi transkripsi gen.