Perbedaan utama antara piridin dan pirimidin adalah bahwa struktur piridin menyerupai struktur benzena dengan satu gugus metil digantikan oleh atom nitrogen, sedangkan struktur pirimidin, meskipun terlalu menyerupai struktur benzena, memiliki dua gugus metil yang digantikan oleh atom nitrogen.
Piridin dan pirimidin adalah senyawa organik. Ini dinamai senyawa organik heterosiklik karena mereka adalah struktur siklik yang memiliki dua jenis atom berbeda yang membuat cincin. Struktur cincin ini mengandung atom karbon dan nitrogen.