Perbedaan utama antara pasangan ion dan kromatografi penukar ion adalah bahwa, dalam kromatografi pasangan ion, ion dalam sampel dapat "dipasangkan" dan dipisahkan sebagai pasangan ion sedangkan, dalam kromatografi penukar ion, ion dalam sampel dapat dipisahkan sebagai kation dan anion secara terpisah.
Kromatografi adalah teknik penting yang mengarah pada pemisahan berbagai komponen dalam suatu campuran. Kromatografi pasangan ion dan pertukaran ion adalah teknik analisis yang dapat kita gunakan untuk memisahkan ion dan molekul polar dalam suatu campuran, berdasarkan muatan listrik yang dibawanya.
