Perbedaan utama antara inaktivasi X dan pencetakan genom adalah bahwa inaktivasi X adalah proses di mana satu salinan kromosom X dinonaktifkan pada beberapa wanita, sedangkan pencetakan genom adalah proses yang bergantung pada induk asal dan merupakan proses di mana salinan gen diekspresikan secara berbeda.
Inaktivasi X dan pencetakan genom adalah dua proses yang dapat menyebabkan ekspresi monoalel. Dengan kata sederhana, kedua fenomena tersebut menyebabkan matinya satu salinan gen. Pencetakan genom terjadi pada gen tertentu, sedangkan inaktivasi X menyebabkan inaktivasi gen di seluruh kromosom X. Namun, kedua proses tersebut menghasilkan penurunan ekspresi gen.
