Perbedaan utama antara inaktivasi X acak dan imprinted adalah inaktivasi X acak adalah inaktivasi kromosom X ayah atau ibu dengan probabilitas yang sama selama masa gastrulasi di epiblast, sedangkan inaktivasi X yang dicetak adalah inaktivasi X nonrandom dari X yang diturunkan dari ayah kromosom di jaringan ekstraembrionik mamalia.
Inaktivasi X adalah proses yang terlihat pada mamalia betina. Umumnya wanita memiliki dua kromosom X. Dan, pada mamalia betina, satu kromosom X menjadi tidak aktif. Dengan kata lain, satu kromosom X menjadi struktur yang tidak aktif secara transkripsi. Setelah ini terjadi, kromosom X khusus ini tetap tidak aktif selama masa hidup sel dan keturunannya dalam organisme. Selain itu, kromosom X yang tidak aktif mengembun menjadi struktur kompak yang disebut badan Barr, dan dipertahankan secara stabil dalam keadaan diam. Selain itu, proses inaktivasi X bergantung pada kontrol dua RNA komplementer non-coding. Namun, inaktivasi X tidak terjadi pada laki-laki yang hanya memiliki satu kromosom X. Selain itu, inaktivasi X dapat terjadi secara acak atau karena pencetakan.
