Perbedaan utama antara endositosis dan fagositosis adalah bahwa endositosis adalah proses memasukkan materi ke dalam sel dengan membentuk vesikel membran sel sedangkan fagositosis adalah proses mengambil materi padat yang besar ke dalam sel dengan membentuk fagosom.
Endositosis dan fagositosis adalah dua mekanisme transportasi yang membawa bahan ke dalam sel. Endositosis terdiri dari tiga kategori. Diantaranya, fagositosis dan pinositosis adalah dua jenis yang paling umum. Apalagi fagositosis adalah bentuk endositosis. Selama kedua mekanisme tersebut, material diambil di dalam vesikel. Bahan-bahan ini termasuk puing-puing sel, enzim, sel mati, patogen, hormon, nutrisi, dll. Mekanisme berlawanan dari endositosis adalah eksositosis, yang melibatkan pengangkatan materi dari sel yang tertutup dalam vesikel.
