Perbedaan utama antara UPGMA dan pohon penghubung tetangga adalah jenis pohon filogenetik yang dihasilkan dari masing-masing metode. UPGMA adalah teknik membangun pohon filogenetik berakar sedangkan pohon penghubung tetangga adalah teknik membangun pohon filogenetik yang tidak berakar.
Pohon filogenetik adalah diagram mirip pohon yang menunjukkan hubungan evolusi antar organisme. Pohon filogenetik dapat memiliki topologi yang berbeda tergantung pada teknik yang digunakan untuk konstruksi pohon. UPGMA dan pohon tetangga bergabung adalah dua metode utama untuk membangun pohon filogenetik.
