Perbedaan utama antara bakteriosin dan antibiotik adalah bahwa bakteriosin adalah toksin berprotein yang diproduksi oleh bakteri melawan strain bakteri yang terkait erat, sedangkan antibiotik adalah zat antibakteri dan metabolit sekunder yang membunuh atau menghambat pertumbuhan bakteri.
Zat antimikroba memiliki kemampuan untuk membunuh mikroorganisme patogen atau menghambat pertumbuhan dan reproduksinya. Antimikroba dapat berupa antibakteri, antijamur, atau antivirus. Zat antibakteri atau antibiotik bekerja melawan bakteri sedangkan zat antijamur bekerja melawan jamur patogen. Obat antivirus membunuh virus. Oleh karena itu, antibiotik adalah jenis zat antibakteri paling efektif yang dapat digunakan untuk memerangi infeksi bakteri. Bakteriosin adalah toksin berprotein yang diproduksi oleh bakteri. Ia bekerja melawan strain bakteri yang terkait erat. Dengan demikian, baik antibiotik maupun bakteriosin memiliki aktivitas antibakteri.