Perbedaan utama antara komplementasi dan rekombinasi adalah bahwa komplementasi adalah kemampuan dua mutan dalam kombinasi untuk mengembalikan fenotipe normal sementara rekombinasi adalah pertukaran materi genetik antar kromosom, mengakibatkan perubahan fisik pada kromosom.
Komplementasi dan rekombinasi adalah dua konsep yang menghasilkan organisme yang berbeda secara genetik. Komplementasi mengembalikan fenotipe normal ketika dua mutan bergabung sementara rekombinasi memunculkan organisme dengan perubahan susunan genetik karena pertukaran materi genetik antar organisme.
