Perbedaan utama antara FISH dan CGH adalah bahwa FISH adalah teknik molekuler yang mendeteksi urutan DNA tertentu pada kromosom menggunakan probe berlabel fluoresen, sedangkan CGH adalah teknik sitogenetik molekuler lain yang mendeteksi perubahan dalam DNA genom.
Analisis sitogenetik memainkan peran penting dalam pengobatan ketika mendeteksi kelainan kromosom seperti aneuploidi, penghapusan, duplikasi, dan penataan ulang, dll. Kelainan kromosom pada akhirnya menyebabkan penyakit genetik seperti kanker, infertilitas, sindrom Down, sindrom Klinefelter, sindrom Turner, leukemia, dll. Ada berbagai metode sitogenetik molekuler untuk mendeteksi cacat dan penyakit yang disebutkan di atas. Di antara mereka, IKAN (hibridisasi fluoresen in situ) dan CGH (hibridisasi genomik komparatif) adalah dua teknik hibridisasi yang kuat. Namun, kedua metode tersebut memiliki pro dan kontra.
