Perbedaan utama antara alelopati dan antibiotik didasarkan pada jenis efek yang dibawa oleh setiap fenomena. Alelopati membawa efek positif dan negatif pada hubungan antara dua organisme atau lebih, sedangkan antibiotik membawa efek negatif pada salah satu organisme yang terlibat dalam hubungan tersebut.
Nutrisi memegang peranan penting dalam kelangsungan hidup organisme. Dalam konteks itu, hubungan antar organisme untuk kebutuhan hara sangat penting. Baik alelopati dan antibiotik adalah hubungan yang terjadi antara dua atau lebih organisme. Namun, mereka saling menanggapi dalam bentuk yang berbeda.