Perbedaan utama antara mesoderm dan mesenkim adalah bahwa mesoderm adalah salah satu dari tiga lapisan kuman hewan simetris bilateral sementara mesenkim adalah jaringan yang tidak berdiferensiasi yang ditemukan pada mesoderm sejati embrionik.
Pada hewan diploblastik, body plan relatif sederhana dengan dua lapisan sel. Kedua lapisan tersebut adalah ektoderm luar dan endoderm bagian dalam. Sel ektoderm menghadap lingkungan, dan sel endoderm menghadap enteron, yang merupakan rongga dengan lubang tunggal ke luar. Bukaannya adalah mulutnya. Kondisi triploblastik adalah kondisi di mana lapisan ketiga yang dikenal sebagai mesoderm berkembang di dalam embrio. Mesoderm terletak di antara ektoderm dan endoderm, memisahkan dua lapisan sel. Lapisan ketiga penting bagi tubuh. Pada hewan tertentu, sebagian besar mesoderm tetap tidak berdiferensiasi dan membentuk jaringan pengepakan yang dikenal sebagai mesenkim, yang mendukung dan melindungi organ-organ tubuh.
