Perbedaan utama antara mesenkim dan ektomenkim tergantung pada jenis sel yang dikandungnya. Mesenkim mengandung sel-sel lepas yang mudah bermigrasi untuk membentuk jaringan dasar kolagen, dan jaringan tulang dan tulang rawan sedangkan ektomenkim mengandung sel-sel krista saraf dan membentuk jaringan leher dan tengkorak.
Baik mesenkim dan ektomenkim hadir dalam tahap embrionik. Perkembangan mesenkim dan ektomenkim penting untuk mempelajari perkembangan berbagai jaringan yang muncul dari sel-sel ini.
