Perbedaan utama antara ganggang hijau biru dan ganggang hijau adalah bahwa ganggang hijau biru adalah organisme prokariotik milik Kingdom Monera sedangkan ganggang hijau adalah organisme eukariotik milik Kingdom Protista.
Fotosintesis adalah proses yang ditunjukkan oleh fotoautotrof. Ini adalah proses yang mensintesis karbohidrat (makanan) dengan menangkap energi dari sinar matahari. Proses tersebut membutuhkan kehadiran pigmen fotosintesis, CO 2 dan air. Fotoautotrof memiliki pigmen fotosintesis untuk melakukan fotosintesis. Ada tiga kelompok utama fotoautotrof sebagai tumbuhan, cyanobacteria (alga hijau biru) dan alga (termasuk alga hijau). Oleh karena itu, ganggang hijau biru dan ganggang hijau adalah organisme fotosintesis. Namun, alga hijau biru adalah organisme prokariotik sedangkan alga hijau adalah organisme eukariotik. Dengan demikian, terdapat perbedaan antara alga hijau biru dan alga hijau berdasarkan organisasi selulernya dan karakteristik lainnya.
