Perbedaan utama antara kromatin dan kromosom adalah bahwa kromatin tidak terikat dan tidak terlipat DNA yang ada sebagai kompleks DNA dan protein histon sementara kromosom mengandung struktur terkondensasi tertinggi dari heliks ganda DNA untuk pemisahan yang tepat dari bahan genetik antara sel anak.
Kromatin dan kromosom adalah dua kategori struktur heliks ganda DNA yang ada di berbagai tahap sel. Sangat penting untuk mengemas seluruh DNA yang menyimpan informasi genetik sel ke dalam inti eukariotik untuk keberadaannya. Karenanya, kromatin adalah bentuk biasa dari kemasan DNA di dalam sel. Di sisi lain, kromosom adalah struktur terpenting dalam sel selama pembelahan sel, dan mengandung materi genetik berupa DNA. Ini karena mereka bertanggung jawab atas transmisi informasi turun-temurun dari satu generasi ke generasi berikutnya. Ada dua jenis kromosom sebagai autosom dan kromosom seks. Kromosom seks penting dalam penentuan jenis kelamin sedangkan autosom menentukan karakteristik lainnya. Umumnya, kromosom muncul selama metafase pembelahan sel.
