Perbedaan utama antara bakteri dan eukariota adalah bahwa bakteri tidak memiliki nukleus sejati dan organel yang terikat membran sedangkan eukariota memiliki nukleus sejati dan organel yang terikat membran.
Sel adalah unit fungsional dan struktural dasar dari semua organisme hidup. Tergantung pada struktur dasar sel, ada dua kategori dasar organisme yaitu prokariota dan eukariota. Prokariota adalah organisme uniseluler dengan struktur sel sederhana. Mereka termasuk dua kelompok utama; Bakteri dan Archaea. Di sisi lain, eukariota memiliki struktur seluler yang kompleks dengan sel yang terorganisir dengan baik. Mereka termasuk protista, jamur, tumbuhan dan hewan. Karena bakteri dan eukariota adalah organisme hidup, mereka memiliki beberapa kesamaan seperti memiliki membran sel, ribosom, DNA yang membawa informasi genetik, dll. Namun, karena bakteri adalah prokariota, bakteri dan eukariota menunjukkan banyak perbedaan struktural dan fungsional dengan eukariota. Artikel ini bermaksud untuk menyoroti perbedaan antara bakteri dan eukariota.