Perbedaan utama antara endotelium dan mesothelium adalah bahwa endotelium adalah lapisan sel epitel skuamosa sederhana yang melapisi seluruh sistem peredaran darah termasuk pembuluh darah, pembuluh getah bening dan jantung sedangkan mesothelium adalah lapisan sel epitel skuamosa sederhana yang melapisi rongga tubuh utama seperti peritoneum, pleura dan perikardium.
Epitel, mesothelium dan endothelium adalah tiga jenis lapisan sel yang melapisi organ dalam, rongga tubuh, dan kulit kita. Karenanya, mereka semua adalah penghalang pelindung tubuh. Secara struktural, mesothelium dan endothelium adalah lapisan epitel yang terspesialisasi atau dimodifikasi dengan asal mesodermal. Karenanya, mereka terdiri dari sel epitel skuamosa sederhana. Baik mesothelium dan endothelium adalah jaringan berlapis tunggal. Mereka melapisi permukaan internal tertentu.
