Perbedaan utama antara bioreaktor dan fermentor adalah jenis reaksi biokimia yang terjadi di dalam bejana tertutup. Bioreaktor memfasilitasi semua jenis reaksi biokimia, tetapi fermentor hanya memfasilitasi fermentasi.
Penerapan Bioteknologi dalam industri merupakan bidang Sains yang menarik. Aplikasi ini bervariasi dari aplikasi mikroba hingga aplikasi berbasis hewan. Selain itu, aplikasi industri Bioteknologi bervariasi di berbagai bidang utama seperti pertanian, kedokteran, dan berbagai industri. Bioreaktor adalah wadah tertutup di mana kondisi yang diperlukan dibuat untuk memfasilitasi berbagai jenis reaksi biokimia. Fermentor termasuk dalam kelompok bioreaktor, tetapi terutama untuk melakukan fermentasi saja.