Perbedaan utama antara sel induk berpotensi majemuk dan sel induk multipoten adalah bahwa sel berpotensi majemuk memiliki kemampuan untuk berdiferensiasi menjadi jenis sel apa pun dari tiga lapisan kuman sedangkan sel induk multipoten memiliki kemampuan untuk berkembang menjadi jenis sel tertentu yang terbatas.
Sel tertentu memiliki kemampuan untuk berdiferensiasi menjadi jenis sel khusus lainnya. Kemampuan ini disebut potensi sel. Ketika sebuah sel mampu berdiferensiasi menjadi lebih banyak tipe sel, sel tersebut memiliki potensi yang besar. Demikian pula, sel induk memiliki potensi sel yang besar. Mereka adalah sel organisme multiseluler yang tidak berdiferensiasi yang dapat membelah dengan cepat dan berdiferensiasi menjadi jenis sel lain. Oleh karena itu, ada dua jenis utama sel induk. Yakni, mereka adalah sel induk embrionik dan sel induk dewasa. Berdasarkan kemampuannya berdiferensiasi menjadi jenis-jenis sel, beberapa sel punca bersifat totipotensi sedangkan beberapa sel punca bersifat pluripoten dan multipoten. Sel induk berpotensi majemuk dapat menjadi semua jenis sel di tiga lapisan kuman sedangkan sel induk multipoten dapat berdiferensiasi menjadi jenis sel tertentu. Dengan demikian, sel induk embrio adalah sel berpotensi majemuk. Di sisi lain, sel punca darah adalah sel punca multipoten.
