Perbedaan utama antara unsur atom dan molekul adalah bahwa unsur atom adalah spesies kimia yang ada sebagai atom independen sedangkan unsur molekuler adalah zat molekuler yang terdiri dari dua atau lebih atom dari satu unsur.
Unsur atom adalah unsur kimia yang paling stabil; terutama gas mulia. Oleh karena itu, mereka dapat eksis sebagai atom independen. Tapi mereka bisa menjalani reaksi kimia untuk membentuk senyawa juga. Sebaliknya, unsur molekuler adalah senyawa kimia yang mengandung setidaknya dua atom dari unsur kimia yang sama. Atom-atom ini mengikat satu sama lain melalui pembentukan ikatan kimia antar atom.
