Perbedaan utama antara isopentana dan neopentana adalah bahwa isopentana mengandung rantai karbon beranggota empat dengan satu gugus metil yang terikat pada rantai ini pada atom karbon kedua dari rantai tersebut sedangkan neopentana mengandung satu pusat karbon yang terikat dengan empat gugus metil.
Isopentane dan neopentane adalah isomer struktural satu sama lain. Oleh karena itu, kedua senyawa ini memiliki rumus kimia yang sama; C 5 H 12. Namun, karena perbedaan antara isopentane dan neopentane dalam struktur kimianya, mereka memiliki sifat kimia dan fisik yang berbeda. Perbedaan penting lainnya antara isopentana dan neopentana adalah bahwa isopentana ada sebagai cairan tidak berwarna sedangkan neopentana adalah gas tidak berwarna pada suhu dan tekanan standar.
