Perbedaan utama antara maltosa dan isomaltosa adalah bahwa maltosa memiliki dua unit glukosa yang bergabung satu sama lain melalui ikatan alfa 1-4 sedangkan isomaltosa memiliki dua unit glukosa yang bergabung satu sama lain melalui ikatan alfa 1-6.
Maltosa adalah disakarida. Artinya ada dua unit gula yang disatukan. Dalam kasus maltosa dan isomaltosa, unit gula adalah molekul glukosa. Oleh karena itu, kedua bentuk disakarida ini berbeda satu sama lain sesuai dengan ikatan kimia antara dua unit glukosa. Namun, kedua bentuk gula ini adalah gula pereduksi.
