Perbedaan utama antara glioksisom dan peroksisom adalah bahwa glioksisom hanya ada di sel tumbuhan dan jamur berfilamen sementara peroksisom ada di hampir semua sel eukariotik. Glioksisom melimpah di sel tumbuhan dari biji yang berkecambah sementara peroksisom melimpah di sel hati dan ginjal.
Kedua organel ini adalah badan mikro yang ada dalam sel eukariotik. Glioksisom adalah peroksisom khusus yang hanya ditemukan pada sel tumbuhan dan jamur berfilamen. Peroksisom adalah organel yang membantu memecah rantai asam lemak panjang dan mendetoksifikasi sel. Mereka menurunkan alkohol dan senyawa berbahaya lainnya.
