Perbedaan utama antara Cyanobacteria dan Proteobacteria tidak dapat disimpulkan secara spesifik. Namun, cyanobacteria, yang dikenal sebagai alga biru-hijau, sepenuhnya berfotosintesis sementara proteobakteri terdiri dari berbagai organisme gram negatif di mana beberapa organisme berfotosintesis.
Meskipun Cyanobacteria dan Proteobacteria memiliki banyak karakteristik yang sama, berdasarkan kemampuannya untuk berfotosintesis, mereka mungkin berbeda satu sama lain. Namun, keduanya adalah organisme yang penting secara industri serta organisme penyebab penyakit.
