shRNA vs siRNA
Selama proses interferensi RNA (RNAi), ekspresi gen target dihancurkan dengan spesifisitas dan selektivitas yang tinggi. RNAi adalah proses alami, dan melibatkan RNA kecil yang mengganggu (siRNA) dan RNA jepit rambut pendek (shRNA) dan shRNA bi-fungsional. Saat ini, RNAi banyak digunakan sebagai alat untuk terapi kanker yang dipersonalisasi. Aplikasi RNAi pada dasarnya dilakukan dengan molekul siRNA untai ganda yang disintesis secara kimiawi dan molekul shRNA berbasis vektor. Meskipun kedua molekul ini memiliki hasil fungsional yang serupa, mereka berbeda dalam strukturnya; dengan demikian, mekanisme aksi molekuler, jalur RNA, dan efek di luar target dari kedua molekul ini juga berbeda.
shRNA
shRNA adalah urutan molekul RNA kecil yang membuat belokan tajam yang dapat digunakan untuk membungkam ekspresi gen target selama RNAi. Ekspresi shRNA dicapai oleh vektor, yang dapat berupa virus atau bakteri atau dengan pengiriman plasmid. Mereka disintesis dalam inti sel dan diangkut ke sitoplasma untuk proses lebih lanjut. Molekul-molekul ini memiliki jalur pematangan miRNA yang serupa; sehingga sintesis miRNA telah memberikan dasar untuk memahami sintesis shRNA. Baik RNA polimerase II atau III dapat mentranskripsi shRNA melalui promotor RNA polimerase II atau III. Keuntungan dari penggunaan shRNA adalah tingkat degradasi dan pergantiannya relatif rendah. Kerugiannya adalah membutuhkan vektor ekspresi, yang dapat menyebabkan beberapa masalah keamanan.
siRNA
siRNA adalah molekul RNA untai ganda yang terdiri dari 20-25 pasangan basa. Ini digunakan untuk penekanan gen dengan membungkam gen apa pun dengan urutan nukleotida komplementer di jalur RNAi. Pengetatan gen melalui transfeksi siRNA seringkali tidak berhasil karena efek transien; terutama pada sel yang membelah dengan cepat dan penekanannya tidak berlangsung lama. Untuk mengatasi masalah ini, siRNA dimodifikasi dengan memperkenalkan struktur jepit rambut pendek. Molekul yang dimodifikasi ini kemudian dikenal sebagai shRNA. shRNA harus diubah menjadi siRNA oleh Dicer untuk melanjutkan fungsi normalnya.
Apa perbedaan antara shRNA dan siRNA?
• Berbeda dengan siRNA, shRNA memiliki struktur jepit rambut ekstra. shRNA adalah versi modifikasi dari siRNA.
• shRNA membutuhkan vektor ekspresi, sedangkan siRNA tidak.
• shRNA dapat digunakan untuk knockdown jangka panjang sedangkan siRNA hanya dapat digunakan untuk knockdown gen jangka pendek.
• Tidak seperti supresi gen siRNA, supresi shRNA berlangsung lama, dan jika dimasukkan melalui vektor virus yang sesuai, ini dapat menghasilkan efek pembungkaman gen permanen.
• Dicer diperlukan untuk mengubah shRNA kembali menjadi molekul siRNA untuk menjalankan fungsi normalnya.
