Perbedaan utama antara prototropi dan tautomerisme adalah bahwa prototropi membahas dua bentuk molekul yang berbeda satu sama lain hanya dalam posisi proton tertentu sedangkan tautomerisme membahas interkonversi dua isomer struktural melalui relokasi atom atau ikatan.
Prototropi adalah bentuk tautomerisme; itu adalah bentuk tautomerisme yang paling umum. Tautomerisme adalah konsep dalam kimia organik yang menjelaskan konversi satu isomer struktural menjadi isomer lain melalui relokasi atom atau ikatan. Jika relokasi terjadi pada proton di dalam molekul, maka kita menyebutnya prototropi. Oleh karena itu, jenis tautomerisme ini dikenal sebagai tautomerisme prototropik.
