Perbedaan utama antara fluksionalitas dan tautomerisme adalah bahwa fluksionalitas mengacu pada pertukaran beberapa atau semua atom dalam suatu molekul sedangkan tautomerisme mengacu pada pertukaran proton antar molekul.
Baik istilah fluksionalitas dan tautomerisme mengacu pada pertukaran atom antara posisi yang berbeda seperti posisi aksial dan ekuator. Jika posisi yang berbeda ini terletak pada molekul yang sama, maka itu adalah fluksionalitas. Tetapi jika atom yang dipertukarkan adalah atom hidrogen (proton) dan posisinya berada dalam dua molekul yang berbeda, maka disebut tautomerisme.
