Perbedaan utama antara epistasis dan pleiotropi adalah bahwa epistasis adalah fenomena di mana satu gen di satu lokus mengubah ekspresi fenotipik suatu gen di lokus lain, sementara pleiotropi menjelaskan fenomena di mana satu gen mempengaruhi beberapa sifat fenotipik.
Epistasis dan pleiotropi adalah dua fenomena dalam genetika. Epistasis terjadi ketika lebih dari satu gen menentukan satu fenotipe. Oleh karena itu, dalam epistasis, satu gen memengaruhi ekspresi gen lain yang terletak di lokus berbeda. Sebaliknya, pleiotropi terjadi ketika satu gen menentukan banyak fenotipe. Karenanya, satu gen berkontribusi pada banyak karakteristik. Baik epistasis dan pleiotropi adalah variasi Warisan Mendel.
