Perbedaan utama antara CRISPR dan CRISPR Cas9 adalah bahwa CRISPR (pengulangan palindromik pendek yang berpotongan teratur) adalah mekanisme pertahanan kekebalan prokariotik yang terjadi secara alami sementara CRISPR cas9 adalah nuclease Cas9 yang dipandu RNA yang merupakan bagian dari sistem kekebalan adaptif CRISPR.
CRISPR adalah sistem kekebalan pertahanan antivirus yang ditemukan pada bakteri dan archaea. Ini adalah keluarga urutan DNA yang ditemukan dalam genom bakteri. Ini terdiri dari sekuens spacer yang berasal dari fragmen DNA bakteriofag yang sebelumnya menginfeksi mereka. Pada infeksi virus berikutnya, bakteri menggunakan urutan ini untuk menghancurkan DNA virus. Urutan CRISPR memiliki pengulangan palindromik pendek dan urutan spacer. Selain itu, urutan pengatur jarak berulang CRISPR sering kali memiliki gen terkait yang mengkode protein Cas. Cas9 adalah endonuklease yang dipandu RNA. Bersama dengan rangkaian CRISPR, protein Cas9 bertindak sebagai sistem kekebalan adaptif pada bakteri terhadap bakteriofag.
