Perbedaan utama antara CDS dan cDNA adalah bahwa CDS atau urutan pengkodean adalah bagian dari transkrip yang benar-benar diterjemahkan menjadi protein sementara urutan cDNA adalah urutan DNA yang diturunkan dari mRNA dengan transkripsi balik.
Gen adalah urutan nukleotida yang mengkode protein. Ini terdiri dari daerah yang berbeda sebagai daerah promotor, situs inisiasi transkripsi, ekson, kodon start, intron dan kodon stop. Oleh karena itu, gen memiliki urutan pengkodean dan nonkode. Urutan pengkodean atau CDS mengacu pada ekson dan dua kodon, yaitu kodon start dan kodon stop. Ini adalah urutan yang sebenarnya diterjemahkan menjadi protein. Sebaliknya, cDNA adalah urutan DNA yang diturunkan dari mRNA melalui transkripsi balik.
