Perbedaan Kunci - cDNA vs Genomic Library
Ada dua tipe utama perpustakaan DNA yang dibangun oleh para ilmuwan dengan menggunakan teknik rekayasa genetika. Itu adalah perpustakaan cDNA dan perpustakaan Genomik. Perbedaan utama antara cDNA dan perpustakaan Genom adalah bahwa perpustakaan cDNA berisi DNA komplementer kloning dari total mRNA suatu organisme sedangkan perpustakaan DNA genom berisi fragmen kloning dari seluruh genom suatu organisme. Perpustakaan DNA genom lebih besar dari perpustakaan cDNA.
DAFTAR ISI
1. Gambaran Umum dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Perpustakaan cDNA
3. Apa itu Perpustakaan Genomik
4. Perbandingan Berdampingan - Perpustakaan cDNA vs Genomik
5. Ringkasan
Apa itu Perpustakaan Genomik?
Perpustakaan DNA genomik adalah kumpulan klon yang mengandung fragmen DNA genom total suatu organisme. Ini berisi seluruh DNA genom organisme itu, termasuk urutan pengkodean dan nonkode. Pembangunan perpustakaan genom dilakukan dengan teknologi DNA rekombinan yang diikuti dengan kloning (rekayasa genetika). Ada beberapa langkah berbeda yang terlibat dalam konstruksi seperti yang ditunjukkan pada gambar 01. Prosesnya dimulai dengan isolasi DNA genom. Dengan menggunakan protokol ekstraksi DNA yang sesuai, DNA genom total suatu organisme harus diisolasi. Kemudian DNA harus diubah menjadi ukuran yang dapat diatur atau menjadi fragmen spesifik dengan restriksi endonuklease (enzim pemotongan DNA). DNA yang terfragmentasi harus dimasukkan ke dalam vektor menggunakan DNA ligases (enzim penggabung DNA). Vektor adalah organisme yang mereplikasi diri. Plasmid dan bakteriofag merupakan vektor yang umum digunakan dalam teknologi DNA rekombinan. Vektor yang diligasi ini dikenal sebagai molekul DNA rekombinan karena mereka membawa urutan DNA sendiri dan yang disisipkan. Vektor rekombinan ditambahkan ke bakteri inang dan dibuat untuk mengambil vektor rekombinan di dalam sel bakteri. Bakteri dengan vektor rekombinan (plasmid) sebaiknya ditanam dalam media kultur. Selama perbanyakan bakteri, DNA bakteri, bersama dengan plasmid rekombinan, mereplikasi genomnya dan menghasilkan klon. Klon ini mengandung seluruh genom organisme sumber. Oleh karena itu, ini disebut perpustakaan genomik. Plasmid dapat dengan mudah dipisahkan dari DNA kromosom bakteri untuk membangun perpustakaan genom organisme tersebut. Jika organisme tertentu mengandung gen yang tertarik,mudah untuk mendeteksinya di perpustakaan genom dengan hibridisasi menggunakan probe molekuler (penanda).
Perpustakaan genom penting untuk mempelajari struktur dan fungsi genom, gen spesifik, lokasi gen, pemetaan gen, mutasi, pengurutan gen, identifikasi gen terapi baru, dll.
Gambar_1: Konstruksi perpustakaan genomik
Apa itu perpustakaan cDNA?
Perpustakaan cDNA adalah kumpulan klon DNA pelengkap (cDNA) yang disintesis dari total mRNA suatu organisme. Prosedur konstruksi melibatkan langkah-langkah yang berbeda. Pemurnian total mRNA dari suatu organisme adalah langkah pertama yang terlibat. MRNA yang terisolasi diubah menjadi untaian cDNA melalui proses yang disebut transkripsi balik. Transkripsi terbalik difasilitasi oleh enzim yang disebut reverse transcriptase. Ini menggunakan primer 3 'kecil dan memulai sintesis untai cDNA pertama yang melengkapi untai mRNA template. Hasil cDNA untai ganda diubah menjadi fragmen yang lebih kecil menggunakan restriksi endonuklease dan dimasukkan ke dalam vektor yang sesuai. Molekul rekombinan yang dibangun ini kemudian ditambahkan ke dalam organisme inang dan ditanam dalam media kultur untuk menghasilkan klon. Kumpulan klon yang mengandung fragmen cDNA dari suatu organisme dikenal sebagai pustaka cDNA. MRNA matang yang diiris sepenuhnya tidak mengandung intron dan daerah regulasi. Oleh karena itu, fragmen non-coding tidak ada di perpustakaan cDNA tidak seperti di perpustakaan genomik.
Perpustakaan cDNA penting untuk analisis daerah pengkodean, fungsi gen, ekspresi gen, dll.
Gambar_2: Pembangunan perpustakaan cDNA
Apa perbedaan antara cDNA dan Genomic Library?
Artikel Diff Tengah sebelum Tabel
cDNA vs Genomic Library |
|
| Perpustakaan cDNA adalah kumpulan klon yang membawa DNA pelengkap ke mRNA suatu organisme | Perpustakaan genom adalah kumpulan klon yang mengandung DNA genom total suatu organisme. |
| Urutan Coding vs Noncoding | |
| Perpustakaan cDNA hanya berisi urutan pengkodean; itu tidak mengandung intron. | Perpustakaan genom terdiri dari seluruh DNA genom termasuk DNA nonkode (intron dan pengatur). |
| Ukuran | |
| Perpustakaan cDNA berukuran kecil. | Perpustakaan genom besar. |
| Bahan Awal | |
| Bahan awal adalah mRNA | Bahan awalnya adalah DNA. |
| Keterlibatan Transkripsi Terbalik. | |
| Transkripsi terbalik terjadi pada sintesis untai cDNA pertama. | Transkripsi terbalik tidak terjadi. |
Ringkasan - cDNA dan Perpustakaan Genomik
Perpustakaan genomik mewakili populasi klon yang membawa DNA genomik total yang terfragmentasi dari suatu organisme. Perpustakaan cDNA mewakili populasi klon yang membawa DNA pelengkap dari total mRNA suatu organisme. Klon cDNA hanya berisi sekuens yang ditemukan di mRNA sedangkan klon genom berisi sekuens seluruh genom. Inilah perbedaan antara cDNA dan perpustakaan genom.
