Perbedaan utama antara anammox dan denitrifikasi adalah bahwa anammox mengacu pada oksidasi amonium anaerobik, yang mengubah amonium dan nitrit menjadi gas nitrogen dalam kondisi anoksik. Sedangkan denitrifikasi adalah transformasi biologis nitrat menjadi N 2 dengan denitrifikasi bakteri.
Siklus nitrogen adalah siklus biogeokimia penting di mana nitrogen diubah menjadi bentuk kimia yang berbeda seperti NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -dll. Ada empat proses utama yang terlihat dalam siklus nitrogen. Mereka adalah fiksasi, amonifikasi, nitrifikasi, dan denitrifikasi. Banyak dari proses ini dilakukan oleh mikroorganisme, terutama bakteri yang ada di dalam tanah. Anammox adalah salah satu tambahan terbaru pada siklus nitrogen. Ini adalah proses oksidasi amonium anaerobik. Sekelompok bakteri tertentu yang dikenal sebagai planctomycetes melakukan proses ini. Mereka memiliki organel khusus yang disebut anammoxosomes, yang menyediakan tempat untuk reaksi anammox. Namun pada akhirnya baik denitrifikasi maupun anammox menghasilkan gas nitrogen.
