Perbedaan utama antara transplantasi sel induk autologus dan alogenik adalah bahwa, dalam transplantasi sel induk autologus, selnya sendiri digunakan dalam transplantasi, sedangkan pada transplantasi sel induk alogenik, donor dicocokkan sebelum transplantasi dan kemudian diberikan.
Transplantasi sel induk adalah teknik yang terutama digunakan dalam pengobatan kanker. Pada transplantasi sel punca, diberikan sel punca dengan karakteristik lanjut yang sesuai sehingga berkembang menjadi sel imunologi yang mampu menghancurkan sel kanker. Fungsi lainnya adalah melindungi sel-sel non-ganas di dalam tubuh. Transplantasi sel induk autologous dan alogenik adalah dua jenis teknik transplantasi sel induk. Transplantasi sel induk autolog menggunakan sel induk sendiri untuk transplantasi, sedangkan transplantasi sel induk alogenik menggunakan sel induk dari donor yang cocok.
