Perbedaan utama antara Apicomplexia dan Ciliophora adalah bahwa Apicomplexia adalah subphylum protozoa dan termasuk organisme dengan kompleks apikal, sedangkan Ciliophora adalah subphylum protozoa lain yang mencakup organisme dengan silia.
Protozoa adalah salah satu dari dua kelompok besar milik Kerajaan Protista. Kelompok lainnya adalah alga. Protozoa adalah hewan uniseluler seperti organisme eukariotik. Mereka termasuk dalam empat kelas: Sarcodina (amoebae), Ciliophora (ciliates), Zoomastigophora (flagellata), dan Apicomplexa. Apicomplexia memiliki struktur yang dikenal sebagai kompleks apikal, sedangkan anggota Ciliophora memiliki ribuan silia di permukaan organisme.
