Perbedaan utama antara aloantibodi dan autoantibodi adalah bahwa aloantibodi adalah antibodi yang diproduksi untuk melawan aloantigen, yang merupakan antigen asing yang dibawa melalui transfusi atau kehamilan. Sedangkan autoantibodi adalah antibodi yang bereaksi dengan antigen sendiri.
Antibodi diproduksi sebagai hasil dari respon imun. Mereka mungkin mencerminkan kehadiran, sifat dan intensitas respon imun. Sistem kekebalan harus dapat mengidentifikasi antigen sendiri dan antigen asing secara terpisah. Ini penting untuk fungsinya. Sel B dari sistem kekebalan menghasilkan antibodi melawan antigen. Alloantibodi dan autoantibodi adalah dua jenis antibodi semacam itu. Alloantibodi diproduksi karena masuknya aloantigen ke dalam tubuh melalui transfusi atau kehamilan. Sebaliknya, autoantibodi adalah antibodi yang bereaksi dengan antigen sendiri. Reaksi autoantibodi dengan antigen sendiri bertanggung jawab atas peradangan, kerusakan dan disfungsi jaringan dan organ, yang mengarah ke tanda dan gejala gangguan autoimun.
