Perbedaan utama antara kesederhanaan maksimum dan kemungkinan maksimum tergantung pada metode yang digunakan dalam mengembangkan pohon filogenetik. Kesederhanaan maksimum berfokus pada meminimalkan keadaan karakter total selama konstruksi pohon filogenetik sedangkan kemungkinan maksimum adalah pendekatan statistik dalam menggambar pohon filogenetik tergantung pada kemungkinan di antara data genetik.
Filogeni adalah pendekatan baru terhadap klasifikasi dan nomenklatur organisme. Filogeni bergantung pada data genetik dan hubungan evolusioner. Data genetik merupakan hasil sekuensing DNA. Dalam filogeni, klasifikasi organisme berlangsung berdasarkan nenek moyang yang sama. Parsimoni maksimum dan kemungkinan maksimum dari hubungan filogenetik meningkatkan akurasi dan keandalan pohon filogenetik.
