Perbedaan utama antara BLAST dan FastA adalah BLAST adalah alat penyelarasan dasar yang tersedia di situs web Pusat Informasi Bioteknologi Nasional sementara FastA adalah alat pencarian kemiripan yang tersedia di situs web Institut Bioinformatika Eropa.
BLAST dan FastA adalah dua software yang banyak digunakan untuk membandingkan sekuens biologis DNA, asam amino, protein, dan nukleotida dari spesies berbeda dan mencari kesamaannya. Algoritme ini ditulis dengan mempertimbangkan kecepatan. Karena, ketika para ilmuwan mampu mengisolasi DNA di laboratorium pada pertengahan 1980-an, hal itu menimbulkan kebutuhan untuk membandingkan dan menemukan gen yang identik untuk penelitian lebih lanjut dengan kecepatan tinggi. Oleh karena itu, kedua perangkat lunak ini dikembangkan sedemikian rupa sehingga pengguna dapat melakukan pencarian cepat dari urutan serupa dengan urutan kueri mereka.
BLAST adalah singkatan dari Basic Local Alignment Search Tool dan menggunakan pendekatan lokal dalam membandingkan dua urutan. FastA adalah perangkat lunak yang mengacu pada Fast A dimana A berarti Semua. Di sini, perangkat lunak bekerja dengan huruf seperti Fast A untuk sekuensing DNA dan Fast P untuk protein. Baik BLAST dan FastA sangat cepat dalam membandingkan database genom dan, oleh karena itu, sangat layak secara finansial serta menghemat waktu.
