Perbedaan utama antara kariotipe dan idiogram adalah bahwa kariotipe adalah gambaran aktual dari total kromosom sel sedangkan idiogram adalah diagram skematik dari kariotipe yang menggambarkan semua peta kromosom.
Satu set kromosom mewakili genom dan informasi genetik suatu organisme. Setiap kromosom memiliki bentuk, ukuran, dan sekumpulan gen yang unik. Jumlah dan struktur fisik kromosom mengungkapkan informasi penting mengenai organisme. Kariotipe adalah teknik yang dilakukan untuk memeriksa sekumpulan lengkap kromosom di dalam sel. Kromosom total dikumpulkan dan dianalisis selama tes ini untuk menentukan apakah ada kelainan numerik atau struktural pada kromosom. Gambar aktual yang menunjukkan total kromosom suatu sel adalah kariotipe sedangkan diagram skematik dari total kromosom suatu sel adalah idiogram. Keduanya penting dalam studi sitogenetik.
