Perbedaan utama antara ribozim dan enzim protein adalah ribozim adalah molekul RNA yang mampu mengkatalisasi reaksi biokimia spesifik tertentu sedangkan enzim protein adalah molekul protein yang mampu mengkatalisasi sebagian besar reaksi biokimia yang terjadi pada organisme hidup.
Enzim adalah katalis biologis, dan mereka mempercepat laju reaksi biokimia. Umumnya, semua enzim adalah protein yang tersusun dari asam amino. Karenanya mereka juga disebut sebagai enzim protein. Namun, ada molekul RNA spesifik yang dapat bertindak sebagai katalisator reaksi biokimia tertentu. Mereka adalah ribozim atau enzim asam ribonukleat. Oleh karena itu, ribozim dan enzim protein menjalankan fungsi yang sama yaitu mengkatalisasi reaksi biokimia.
