Perbedaan utama antara flagela dan silia adalah bahwa flagela panjang dan ada dalam satu hingga delapan per sel sedangkan silia pendek dan hadir dalam ratusan per sel.
Silia dan Flagela adalah struktur kecil yang melekat pada sel eukariotik dan prokariotik. Mereka menonjol dari permukaan sel mereka. Struktur ini membantu penggerak organisme uniseluler. Karenanya, mereka terutama mengandung protein yang disebut mikrotubulus atau badan basal. Dalam kasus organisme eukariotik bersel tunggal, silia dan flagela sangat penting untuk penggerak. Di sisi lain, dalam organisme multiseluler, silia dan flagela membantu pergerakan cairan dan bahan lain di sepanjang tabung tubuh saat melakukan fungsi menggerakkan sel atau sekelompok sel. Namun, ada beberapa perbedaan antara flagela dan silia; terutama, mereka berbeda satu sama lain dalam hal panjang, ukuran, tampilan dan tipe sel yang ditempelkan.
