Perbedaan utama antara genom prokariotik dan eukariotik adalah bahwa genom prokariotik hadir di sitoplasma sedangkan genom eukariotik terbatas di dalam nukleus.
Genom mengacu pada seluruh koleksi DNA suatu organisme. Dengan kata lain, genom adalah materi genetik suatu organisme yang mengandung informasi genetik total. Sebagian besar organisme memiliki genom yang terbuat dari DNA. Namun, beberapa genom berbasis RNA. Sebagai contoh, virus tertentu memiliki genom RNA. Saat mempertimbangkan materi genetik total suatu organisme, itu tidak hanya mencakup gen atau urutan pengkodean. Ini mencakup gen dan urutan non-encoding DNA.
Karena informasi genetik terletak di dalam genom dalam bentuk gen, gen menjalani transkripsi dan translasi untuk menghasilkan protein. Ada perbedaan antara proses ekspresi genom prokariotik dan eukariotik. Selain itu, penyimpanan dan replikasi kedua genom juga berbeda antara prokariota dan eukariota. Tetapi struktur DNA tetap sama (Double Helix) pada kedua organisme tersebut. Perbedaan utama antara genom prokariotik dan eukariotik terletak pada organisasi seluler organisme dan di mana genom berada.
