Perbedaan utama antara DNA prokariotik dan eukariotik adalah DNA prokariotik mengambang bebas di sitoplasma sementara DNA eukariotik berada di dalam nukleus.
Ada dua kategori utama organisme hidup seperti prokariota dan eukariota. Mereka berbeda satu sama lain dengan organisasi seluler mereka. Dengan demikian, prokariota memiliki organisasi seluler yang sederhana. Mereka tidak memiliki nukleus dan organel yang terikat membran. Di sisi lain, eukariota memiliki organisasi seluler yang kompleks. Mereka memiliki inti sejati yang mengandung DNA dan juga organel sel yang terikat membran. Semua prokariota uniseluler sedangkan eukariota mungkin organisme uniseluler atau multiseluler. Prokariota dan eukariota terutama mengandung genom DNA. DNA mereka dikemas menjadi kromosom. Karena prokariota tidak memiliki inti, DNA mereka mengambang bebas di sitoplasma. Namun, pada eukariota, kromosom berada di dalam nukleus. Oleh karena itu, membran inti membungkus semua DNA eukariotik.
