Perbedaan utama antara gerakan molekuler dan difusi adalah bahwa gerakan molekuler adalah pergerakan molekul di dalam suatu zat tanpa pengaruh eksternal sedangkan difusi adalah pergerakan molekul dari daerah dengan konsentrasi tinggi ke daerah dengan konsentrasi lebih rendah.
Gerak molekuler dan difusi sangat penting sebagai penjelasan perilaku molekul suatu zat. Semua materi mengandung partikel; atom, ion, atau molekul. Seringkali, kita dapat menemukan molekul daripada atom atau ion karena molekul lebih stabil. Selain itu, semua bentuk materi selalu berada di salah satu dari tiga kondisi materi; gas, cair atau padat. Pergerakan molekul di tiga keadaan ini dijelaskan oleh gerakan molekul dan difusi.