Perbedaan utama antara kimia obat dan kimia farmasi adalah bahwa kimia obat berkaitan dengan perancangan, pengoptimalan, dan pengembangan senyawa kimia baru untuk digunakan sebagai obat sedangkan kimia farmasi berkaitan dengan studi tentang obat dan pengembangannya.
Baik kimia pengobatan maupun kimia farmasi berhubungan dengan obat atau obat yang kita gunakan untuk mengobati berbagai penyakit. Kedua bidang tersebut membahas perancangan dan pengembangan obat dengan perbedaan yang sangat tipis. Salah satu perbedaan tersebut adalah bahwa kimia obat mempelajari tidak hanya obat tetapi juga mekanisme kerja obat ini di dalam tubuh kita.
