Perbedaan utama antara Pseudomonas aeruginosa dan Pseudomonas fluorescens adalah bahwa P. aeruginosa adalah patogen oportunistik manusia sedangkan P. fluorescens bukanlah patogen manusia. Lebih eksplisit mengatakan, P. aeruginosa adalah patogen tumbuhan dan hewan termasuk manusia sedangkan P. fluoresensi adalah spesies bakteri pemacu pertumbuhan tanaman. Perbedaan penting lainnya antara Pseudomonas aeruginosa dan Pseudomonas fluorescens adalah bahwa P. aeruginosa memiliki kemampuan untuk tumbuh bahkan pada suhu 42 ° C.
Pseudomonas adalah genus bakteri yang terdiri dari bakteri gram negatif, berbentuk batang dan flagelated polar. Mereka adalah bakteri aerob yang tidak membentuk spora, katalase positif dan oksidase positif. Selain itu genus ini memiliki banyak spesies diantaranya P. aeruginosa, P. fluorescens, P. putida, P. syringae, dll.