Perbedaan Kunci - Terjemahan Nick vs Ekstensi Primer
Terjemahan nick dan ekstensi primer adalah dua teknik penting yang dilakukan dalam biologi molekuler. Perbedaan utama antara terjemahan nick dan ekstensi primer adalah bahwa proses translasi nick menghasilkan probe berlabel untuk teknik hibridisasi lain sementara metode ekstensi primer mengidentifikasi urutan RNA spesifik dari campuran dan mengungkapkan informasi tentang ekspresi mRNA. Kedua teknik tersebut sangat penting dan secara rutin dilakukan di laboratorium penelitian molekuler.
DAFTAR ISI
1. Gambaran Umum dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Terjemahan Nick
3. Apa itu Ekstensi Primer
4. Perbandingan Berdampingan - Terjemahan Nick vs Ekstensi Primer
5. Ringkasan
Apa itu Terjemahan Nick?
Terjemahan Nick adalah teknik penting yang digunakan untuk menyiapkan probe berlabel untuk berbagai teknik biologi molekuler seperti blotting, hibridisasi in situ, hibridisasi fluoresen in situ, dll. Ini adalah metode pelabelan DNA in vitro. Probe DNA digunakan untuk mengidentifikasi urutan DNA atau RNA tertentu. Dengan bantuan probe berlabel, fragmen tertentu dapat ditandai atau divisualisasikan dari campuran kompleks asam nukleat. Oleh karena itu, probe berlabel disiapkan dengan menggunakan berbagai teknik yang akan digunakan untuk teknik yang berbeda. Terjemahan Nick adalah salah satu metode yang menghasilkan probe berlabel dengan bantuan enzim DNase 1 dan DNA polimerase 1.
Proses translasi nick dimulai dengan aktivitas enzim DNase 1. DNase 1 memperkenalkan torehan di tulang punggung fosfat DNA untai ganda dengan memutus ikatan fosfodiester antara nukleotida. Setelah nick dibuat bebas gugus 3 'OH dari nukleotida akan dihasilkan dan enzim DNA polimerase 1 akan bekerja padanya. Aktivitas eksonuklease 5 'hingga 3' DNA polimerase 1 menghilangkan nukleotida dari nick menuju arah 3 'untai DNA. Secara bersamaan, aktivitas polimerase enzim DNA polimerase 1 bekerja dan menambahkan nukleotida untuk menggantikan nukleotida yang dihilangkan. Jika nukleotida diberi label, penggantian akan terjadi oleh nukleotida yang diberi label dan akan menandai DNA untuk identifikasi. DNA berlabel yang baru disintesis ini dapat digunakan sebagai probe dalam berbagai reaksi hibridisasi dalam Biologi Molekuler.
Gambar 01: Proses penerjemahan Nick
Apa itu Primer Extension?
Ekstensi primer adalah teknik yang digunakan untuk menemukan urutan RNA spesifik dari campuran RNA dan menemukan ujung 5 'dari transkrip mRNA. Ini juga digunakan untuk mempelajari struktur RNA dan ekspresi. Metode ekstensi primer dilakukan dengan primer berlabel atau dengan nukleotida berlabel. Jika primer berlabel digunakan, itu tidak termasuk perlunya pelabelan nukleotida yang digunakan untuk sintesis cDNA. Ada beberapa langkah dalam teknik ini. Ini dimulai dengan ekstraksi RNA dari sampel. Kemudian primer oligonukleotida berlabel ditambahkan ke campuran bersama dengan bahan yang diperlukan untuk mensintesis cDNA dari urutan RNA tertentu. Anil primer dengan urutan pelengkap dari campuran. Menggunakan urutan anil primer sebagai templat,enzim reverse transcriptase mensintesis DNA komplementer (cDNA) dari urutan RNA. Anil primer dan transkripsi balik hanya terjadi jika urutan RNA spesifik ada dalam sampel. Akhirnya, ketika elektroforesis gel denaturasi dilakukan, ukuran urutan RNA dapat ditentukan. Juga mudah untuk menemukan basis +1 dari urutan mRNA (situs inisiasi transkripsi) dengan metode ekstensi primer. Jumlah mRNA yang ada dalam sampel dapat dihitung dengan metode ini jika digunakan primer berlebih. Juga mudah untuk menemukan basis +1 dari urutan mRNA (situs inisiasi transkripsi) dengan metode ekstensi primer. Jumlah mRNA yang ada dalam sampel dapat dihitung dengan metode ini jika digunakan primer berlebih. Juga mudah untuk menemukan basis +1 dari urutan mRNA (situs inisiasi transkripsi) dengan metode ekstensi primer. Jumlah mRNA yang ada dalam sampel dapat dihitung dengan metode ini jika digunakan primer berlebih.
Gambar 02: Ekstensi primer
Apa perbedaan antara Nick Translation dan Primer Extension?
Artikel Diff Tengah sebelum Tabel
Terjemahan Nick vs Ekstensi Primer |
|
| Terjemahan Nick adalah proses yang menciptakan probe DNA berlabel untuk berbagai reaksi hibridisasi. | Ekstensi primer adalah teknik yang digunakan untuk menemukan RNA spesifik atau untuk mempelajari ekspresi gen. |
| Enzim Digunakan | |
| Enzim DNase 1 dan DNA polimerase digunakan. | Enzim reverse transcriptase digunakan. |
| Pentingnya | |
| Terjemahan Nick memfasilitasi penandaan urutan DNA tertentu. | Ekstensi primer memungkinkan deteksi ukuran urutan mRNA tertentu dan jumlah yang ada dalam sampel. |
Ringkasan - Terjemahan Nick vs Ekstensi Primer
Terjemahan nick adalah metode yang digunakan untuk mensintesis probe berlabel berdasarkan aktivitas enzim DNase 1 dan E coli DNA polimerase 1. Ini adalah metode in vitro yang digunakan di laboratorium sebelum teknik hibridisasi yang berbeda. Selama translasi nick, aktivitas eksonuklease 5'-3 'dari DNA polimerase 1 menghilangkan nukleotida sebelum nick dan aktivitas polimerase dari DNA polimerase 1 menggantikan nukleotida yang dihilangkan dengan nukleotida berlabel di belakang nick. Ekstensi primer adalah metode yang digunakan untuk mendeteksi transkrip RNA tertentu dari suatu campuran dan mengukur ukuran dan jumlah RNA yang diinginkan. Inilah perbedaan antara terjemahan nick dan ekstensi primer.
