Perbedaan Kunci - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green dan Taqman adalah dua metode yang digunakan untuk mendeteksi atau melihat proses amplifikasi PCR real-time. SYBR Green adalah metode yang didasarkan pada pewarna pewarnaan asam nukleat interkalasi sedangkan Taqman adalah metode yang didasarkan pada probe hidrolisis. Kedua teknologi dirancang untuk menghasilkan fluoresensi selama PCR, yang memungkinkan mesin PCR waktu nyata memantau reaksi secara "waktu nyata". Metode SYBR Green dilakukan dengan menggunakan pewarna fluoresen yang disebut SYBR green dan mendeteksi amplifikasi dengan cara mengikat pewarna sehingga menghasilkan DNA beruntai ganda. Taqman dilakukan dengan menggunakan probe berlabel ganda dan mendeteksi amplifikasi dengan degradasi probe oleh Taq polimerase dan pelepasan fluorofor. Inilah perbedaan utama antara SYBR Green dan Taqman.
DAFTAR ISI
1. Gambaran Umum dan Perbedaan Utama
2. Apa itu SYBR Green
3. Apa itu Taqman
4. Perbandingan Berdampingan - SYBR Green vs Taqman
5. Ringkasan
Apa itu SYBR Green?
SYBR Green adalah pewarna fluoresen yang digunakan untuk mewarnai asam nukleat, terutama DNA untai ganda dalam Biologi Molekuler. Metode SYBR Green digunakan untuk mengukur produk PCR selama PCR real-time. Setelah mengikat dengan DNA, kompleks pewarna DNA yang dihasilkan menyerap cahaya biru dan memancarkan cahaya hijau yang intens. Itu terjadi karena perubahan struktural yang terjadi pada molekul pewarna saat pengikatan dengan DNA untai ganda. Ketika PCR menciptakan lebih banyak DNA, lebih banyak molekul pewarna terikat dengan DNA, menghasilkan lebih banyak fluoresensi. Oleh karena itu, fluoresensi meningkat dengan akumulasi produk PCR. Oleh karena itu, jumlah produk PCR dapat diukur secara kuantitatif dengan deteksi fluoresensi SYBR Green.
Pewarna hijau SYBR juga dapat digunakan untuk pelabelan DNA dalam sitometri dan mikroskop fluoresen. Ethidium bromide telah berhasil diganti dengan SYBR Green karena Ethidium bromide adalah pewarna karsinogenik dengan masalah pembuangan selama visualisasi DNA dalam elektroforesis gel.
Ada keuntungan dan kerugian dari metode SYBR green. Cara ini sangat sensitif, murah dan mudah digunakan. Namun, karena kemampuannya untuk mengikat DNA beruntai ganda, ikatan nonspesifik dapat menyebabkan kuantifikasi berlebihan produk PCR.
Gambar 01: SYBR Green Technique
Apa itu Taqman?
Taqman adalah metode alternatif untuk SYBR Green untuk memantau proses PCR waktu nyata. Metode ini bergantung pada aktivitas eksonuklease 5 '- 3' dari enzim Taq polimerase untuk menurunkan probe selama perpanjangan untai baru dan pelepasan fluorofor. Probe berlabel ganda digunakan dalam metode ini dan ini didasarkan pada hidrolisis probe. Probe adalah oligonukleotida DNA berlabel fluoresen yang memiliki molekul pelapor fluoresen (fluorofor) di ujung 5 'dan molekul pemadam di ujung 3'. Mereka dirancang untuk mengikat template untai tunggal di sisi berlawanan dari anil primer. Taq polimerase menambahkan nukleotida ke primer dan memperluas untai baru menuju probe berlabel ganda. Setelah Taq polimerase bertemu dengan probe, aksi eksonuklease dari Taq polimerase mengaktifkan dan menurunkan probe. Setelah menyelesaikan sintesis untai baru, probe mengalami degradasi lengkap dan melepaskan fluorofor. Pelepasan fluorofor menghasilkan fluoresensi. Molekul Fluorescent Quencher secara efisien memadamkan cahaya yang dipancarkan dan menghasilkan keluaran untuk kuantifikasi produk PCR. Pelepasan fluorofor dan kuantitas produk PCR proporsional. Oleh karena itu, kuantifikasi dapat dengan mudah dilakukan dengan metode Taqman.kuantifikasi dapat dengan mudah dilakukan dengan metode Taqman.kuantifikasi dapat dengan mudah dilakukan dengan metode Taqman.
Gambar 02: Metode Taqman
Metode Taqman digunakan dalam waktu nyata PCR, kuantifikasi ekspresi gen, deteksi polimorfisme genetik, kuantifikasi penghapusan DNA kromosom, identifikasi bakteri, verifikasi analisis microarray, genotipe SNP, dll.
Apa perbedaan antara SYBR Green dan Taqman?
Artikel Diff Tengah sebelum Tabel
SYBR Green vs Taqman |
|
| SYBR Green didasarkan pada pewarna pengikat DNA. | Taqman bergantung pada probe hibridisasi dan aktivitas eksonuklease 5 'hingga 3' dari Taq polimerase. |
| Probe Berlabel Fluoresen | |
| Tidak diperlukan probe berlabel fluoresen. | Diperlukan probe berlabel ganda. |
| Analisis Gen Multipleks | |
| Itu tidak dapat digunakan untuk target gen multipleks. | Ini dapat digunakan untuk target gen multipleks. |
| Biaya | |
| Ini lebih murah. | Ini lebih mahal. |
| Kekhususan | |
| Ini kurang spesifik dan terikat dengan DNA untai ganda apa pun | Ini sangat spesifik karena probe mendeteksi produk amplifikasi tertentu. |
| Efektivitas | |
| Ini kurang efektif. | Ini sangat efektif. |
| Aplikasi | |
| Ini digunakan dalam PCR waktu nyata, visualisasi gel agarosa, pelabelan DNA, dll. | Ini digunakan dalam PCR waktu nyata, kuantifikasi ekspresi gen, deteksi polimorfisme genetik, dll. |
Ringkasan - SYBR Green dan Taqman
Taqman dan SYBR green adalah dua metode yang digunakan dalam PCR waktu nyata (PCR kuantitatif). Kedua metode tersebut memungkinkan penghitungan produk PCR secara efisien dan bergantung pada emisi fluoresensi. Metode Taqman menggunakan probe berlabel ganda untuk mendeteksi akumulasi DNA sedangkan metode SYBR Green menggunakan pewarna fluoresen. Kedua metode ini juga memiliki aplikasi berbeda dalam biologi molekuler.
