Perbedaan utama antara motor molekuler linier dan rotari terutama terletak pada pergerakan kompleks yang membentuk protein motorik. Sementara motor molekul linier menunjukkan gerakan linier searah di antara kompleks, motor molekuler berputar menunjukkan gerakan rotasi di sekitar kompleks yang berbeda yang membentuk motor molekuler.
Motor molekuler adalah biomolekul penting yang mengambil bagian dalam banyak reaksi, terutama yang terkait dengan pembangkit energi dalam istilah adenosin trifosfat (ATP). Mereka memainkan peran penting dalam gerakan atau pekerjaan mekanis. Protein motorik menggunakan energi bebas dari ATP atau hidrolisis nukleotida trifosfat untuk menghasilkan gaya mekanis. Ada dua jenis motor molekuler sebagai motor molekul linier dan motor molekuler putar. Mereka mewakili dua mode operasi motor.